Neželjeni efekti pri upotrebi propolisa su primjećeni kod predoziranja, tj. nekontrolisanog uzimanja propolisa. Vrlo je važno pridržavati se preporučene doze.

Kod primjene preparata od propolisa, osobe alergične na pčelinje proizvode mogu imati neželjene reakcije. Uvijek prije upotrebe propolisa prvo probati sa malom količinom.

Preosjetljivost na propolis se može manifestovati u vidu mučnine i pogoršanja zdravlja čak i kada se propolis pomiriše. Preosjetljivost kod liječenja kožnih oboljenja se manifestuje u vidu kožnih reakcija na mjestima gdje je nanesen.